Gegründet wird das Stapferhaus 1960 durch Pro Argovia, Pro Helvetia, den Kanton Aargau und die Stadt Lenzburg. Philipp Albert Stapfer (1766–1840) gilt als Gründer des Kantons Aargau. Er war ein kultur- und bildungspolitischer Visionär und widmete sich – trotz traditionell geprägter Herkunft – der Gegenwart und Zukunft.
2018 erhält das Stapferhaus mit dem Neubau am Bahnhof Lenzburg erstmals eine Heimat, die Ausstellungs- und Büroräume unter einem Dach vereint.